No Japão daquele tempo (século XVII), as autoridades japonesas perseguiam os cristãos que vinham lhe impor uma cultura estranha e ligada à cultura europeia imperialista e com interesses econômicos e políticos que seriam prejudiciais ao Japão. Quando vemos o filme, temos a tentação de lembrar que, na mesma época, em Portugal e Espanha, a Inquisição Católica fazia com judeus e muçulmanos e mesmo hereges cristãos as mesmas torturas e crueldades com as quais os japoneses tratavam os padres e cristãos.
Essa comparação entre a perseguição japonesa contra os cristãos e a Inquisição Católica contra hereges e pessoas de outra fé não é correta porque os judeus e muçulmanos viviam na Espanha e Portugal desde séculos e não representavam nenhuma ameaça à cultura portuguesa ou espanhola. No Japão, sim, os cristãos vinham de repente, de fora e querendo impor, em nome do evangelho, a cultura europeia. Como mais tarde os missionários cristãos na África, os padres e pastores vinham na frente dos soldados e comerciantes. Era a vanguarda da conquista cultural e política. Infelizmente.
O filme é baseado em um romance que tem fundamento histórico, mas é livre de retratar exatamente os fatos como queira. O título Silêncio se refere ao silêncio de Deus que diante das perseguições e sofrimentos de seus fieis não intervém, nem diz nada. E isso provoca nos padres uma profunda crise que os leva a renunciar à fé cristã e a se tornar budistas. A história os considera "padres apóstatas", ou traidores da fé. Hoje, compreendemos melhor que, além do fato de que Deus não entra nessas brigas de religião e não intervém como eles, padres, gostariam, talvez o silêncio de Deus se deva ao fato de que aquilo que eles estão ali fazendo em nome de Deus, Deus não gostaria que fizessem. Não aprova e não quer endossar. Talvez, aqueles padres e cristãos tenham se tornado mais de acordo com Deus e com Jesus em inserir-se na cultura japonesa e viver simplesmente em meio às pessoas o amor solidário e a busca da justiça do que ao querer impor um modelo ocidental de religião como sendo a única verdadeira.
No filme há uma pequena cena no final muito iluminadora (não conto para não tirar a surpresa de quem puder ainda ver o filme). Nela, o personagem principal já morto é vestido como budista e, de repente, escondido no meio dos seus objetos se vê um pequeno símbolo da fé cristã. Ele havia renunciado à religião, mas não à fé que não se opõe a nenhuma cultura humana. Viva a pluralidade cultural e religiosa.